.FASTA Bestandsextensie

FASTA-sequentiebestand

Ontwikkelaar	David J. Lipman and William R. Pearson
Populariteit	3,7 \| 29 stemmen

Wat is een FASTA-bestand?

Een FASTA-bestand bevat een registratie van nucleïnezuursequenties (zoals DNA-sequenties) of eiwitsequenties die zijn opgeslagen in de tekstgebaseerde FASTA-indeling. Het kan één of meerdere sequenties bevatten. Daarom wordt FASTA soms de FASTA-database-indeling genoemd. Je kunt FASTA-bestanden bekijken en analyseren met DNA-an software.

Meer informatie

Schermafbeelding van een .fasta-bestand in GSL Biotech SnapGene 6 — FASTA-bestand geopend in GSL Biotech SnapGene 6

David J. Lipman en William R. Pearson hebben de FASTA-indeling gemaakt en deze in 1985 uitgebracht. Veel DNA-apps ondersteunen de indeling vanwege de eenvoud ervan. Daardoor is het een van de meest gebruikte indelingen voor het overdragen van sequenties tussen applicaties.

De FASTA-indeling

FASTA-bestanden beginnen vaak met een kopregel die opmerkingen of andere informatie kan bevatten. De rest van het bestand bevat sequentiegegevens. Elke sequentie begint met een >-teken, gevolgd door de naam van de sequentie. De rest van de regel beschrijft de sequentie en de resterende regels bevatten de sequentie zelf.

OPMERKING: Bestanden die in de FASTA-indeling zijn opgeslagen, kunnen naast .fasta verschillende andere bestandsextensies gebruiken, zoals .fas (.FAS-bestanden) en .fa (.FA-bestanden).

Een FASTA-bestand openen

Je kunt een FASTA-bestand openen met verschillende DNA-applicaties, zoals GSL Biotech SnapGene (meerdere platforms), Genome Compiler (meerdere platforms) en Heracle BioSoft DNA Baser (Windows). Je kunt een FASTA-bestand bijvoorbeeld met SnapGene openen door File → Open Files... te selecteren.

Een FASTA-bestand openen met een teksteditor

Je kunt een FASTA-bestand ook openen met een teksteditor, zoals Microsoft Notepad (Windows) of Apple TextEdit (Mac). Je kunt een FASTA-bestand ook openen met broncode-editors. Als je het FASTA-bestand echter met een teksteditor of broncode-editor opent, wordt de sequentie in het FASTA-bestand niet automatisch op dezelfde manier weergegeven als in een DNA-app.

Wanneer je het bestand in een teksteditor of broncode-editor opent, kun je de sequentie in het FASTA-bestand bekijken en de eigenschappen ervan wijzigen. Als je de sequentie echter verkeerd bewerkt, kan deze beschadigd raken.