.FASTA Přípona souboru
Soubor sekvence FASTA
| Vývojář | David J. Lipman and William R. Pearson |
| Popularita |
3,7 | 29 hlasů |
Co je soubor FASTA?
Soubor FASTA obsahuje záznam nukleových sekvencí (například sekvencí DNA) nebo proteinových sekvencí uložených v textovém formátu FASTA. Může uchovávat jednu nebo více sekvencí, a proto se FASTA někdy označuje jako databázový formát FASTA. Uživatelé mohou soubory FASTA zobrazovat a analyzovat pomocí softwaru pro analýzu DNA.
Další informace
David J. Lipman a William R. Pearson vytvořili formát FASTA a vydali jej v roce 1985. Mnoho aplikací pro práci s DNA podporuje tento formát díky jeho jednoduchosti, takže se stal jedním z nejběžnějších formátů pro přenos sekvencí mezi aplikacemi.
Formát FASTA
Soubory FASTA často začínají řádkem záhlaví, který může obsahovat komentáře nebo jiné informace. Zbytek souboru obsahuje data sekvence. Každá sekvence začíná znakem > následovaným názvem sekvence. Zbytek řádku popisuje sekvenci a zbývající řádky obsahují samotnou sekvenci.
POZNÁMKA: Soubory uložené ve formátu FASTA mohou kromě .fasta používat i různé další přípony, například .fas (soubory .FAS) a .fa (soubory .FA).
Jak otevřít soubor FASTA
Soubor FASTA můžete otevřít v několika aplikacích pro práci s DNA, například v GSL Biotech SnapGene (pro více platforem), Genome Compiler (pro více platforem) a Heracle BioSoft DNA Baser (Windows). Soubor FASTA můžete například v aplikaci SnapGene otevřít výběrem možnosti .
Otevření souboru FASTA v textovém editoru
Soubor FASTA můžete otevřít také v textovém editoru, například v aplikaci Microsoft Notepad (Windows) nebo Apple TextEdit (Mac). Soubor FASTA můžete otevřít také v editorech zdrojového kódu. Textový editor ani editor zdrojového kódu však soubor FASTA nativně nezobrazí jako aplikace pro práci s DNA, tedy jako sekvenci v souboru FASTA.
Po otevření v textovém editoru nebo editoru zdrojového kódu můžete zobrazit sekvenci v souboru FASTA a upravovat její vlastnosti. Pokud však sekvenci upravíte nesprávně, můžete ji poškodit.
Jak převést soubor FASTA
Různé aplikace, například GSL Biotech SnapGene a Heracle BioSoft DNA Baser, mohou převádět soubory FASTA do jiných formátů.
SnapGene může například převádět soubory FASTA do následujících formátů: