.FASTA Extension de fichier

Fichier de séquences FASTA

Développeur	David J. Lipman and William R. Pearson
Popularité	3,7 \| 29 Votes

Qu'est-ce qu'un fichier FASTA ?

Un fichier FASTA contient un enregistrement de séquences d’acides nucléiques (telles que des séquences d’ADN) ou de séquences protéiques enregistrées au format FASTA textuel. Il peut stocker une ou plusieurs séquences, c’est pourquoi FASTA est parfois appelé format de base de données FASTA. Les utilisateurs peuvent afficher et analyser les fichiers FASTA avec des logiciels d’analyse de l’ADN.

Plus d'informations

Capture d'écran d'un fichier .fasta dans GSL Biotech SnapGene 6 — Fichier FASTA ouvert dans GSL Biotech SnapGene 6

David J. Lipman et William R. Pearson ont créé le format FASTA et l’ont publié en 1985. De nombreuses applications d’ADN ont adopté la prise en charge de ce format en raison de sa simplicité, ce qui en fait l’un des formats les plus courants pour transférer des séquences entre applications.

Le format FASTA

Les fichiers FASTA commencent souvent par une ligne d’en-tête pouvant contenir des commentaires ou d’autres informations. Le reste du fichier contient les données de séquence. Chaque séquence commence par un caractère > suivi du nom de la séquence. Le reste de la ligne décrit la séquence, et les lignes restantes contiennent la séquence elle-même.

REMARQUE : Les fichiers enregistrés au format FASTA peuvent utiliser diverses extensions de fichier en plus de .fasta, telles que .fas (fichiers .FAS) et .fa (fichiers .FA).

Comment ouvrir un fichier FASTA

Vous pouvez ouvrir un fichier FASTA avec plusieurs applications d’ADN, telles que GSL Biotech SnapGene (multiplateforme), Genome Compiler (multiplateforme) et Heracle BioSoft DNA Baser (Windows). Par exemple, vous pouvez ouvrir un fichier FASTA dans SnapGene en sélectionnant File → Open Files....

Ouvrir un fichier FASTA avec un éditeur de texte

Fichier FASTA ouvert dans Apple TextEdit 1

Vous pouvez également ouvrir un fichier FASTA avec un éditeur de texte, tel que Microsoft Notepad (Windows) ou Apple TextEdit (Mac). Vous pouvez aussi ouvrir un fichier FASTA avec des éditeurs de code source. Toutefois, l’ouverture du fichier FASTA avec un éditeur de texte ou de code source n’affichera pas automatiquement la séquence qu’il contient comme le ferait une application d’ADN.

Lorsqu’il est ouvert dans un éditeur de texte ou de code source, vous pouvez afficher la séquence contenue dans le fichier FASTA et modifier ses propriétés. Toutefois, si vous modifiez incorrectement la séquence, vous risquez de l’endommager.