.FASTA Dateiendung

FASTA-Sequenzdatei

Entwickler	David J. Lipman and William R. Pearson
Beliebtheit	3,7 \| 29 Stimmen

Was ist eine FASTA-Datei?

Eine FASTA-Datei enthält einen Datensatz mit Nukleinsäuresequenzen (z. B. DNA-Sequenzen) oder Proteinsequenzen, die im textbasierten FASTA-Format gespeichert sind. Sie kann eine oder mehrere Sequenzen speichern, weshalb FASTA manchmal als FASTA-Datenbankformat bezeichnet wird. Benutzer können FASTA-Dateien mit DNA-Analysesoftware anzeigen und analysieren.

Weitere Informationen

Screenshot einer .fasta-Datei in GSL Biotech SnapGene 6 — FASTA-Datei geöffnet in GSL Biotech SnapGene 6

David J. Lipman und William R. Pearson entwickelten das FASTA-Format und veröffentlichten es 1985. Viele DNA-Apps unterstützen das Format aufgrund seiner Einfachheit. Dadurch wurde es zu einem der am häufigsten verwendeten Formate für die Übertragung von Sequenzen zwischen Anwendungen.

Das FASTA-Format

FASTA-Dateien beginnen häufig mit einer Kopfzeile, die Kommentare oder andere Informationen enthalten kann. Der Rest der Datei enthält Sequenzdaten. Jede Sequenz beginnt mit einem >-Zeichen, gefolgt vom Namen der Sequenz. Der Rest der Zeile beschreibt die Sequenz, und die verbleibenden Zeilen enthalten die Sequenz selbst.

HINWEIS: Dateien, die im FASTA-Format gespeichert sind, können neben .fasta verschiedene andere Dateierweiterungen verwenden, z. B. .fas (.FAS-Dateien) und .fa (.FA-Dateien).

So öffnen Sie eine FASTA-Datei

Sie können eine FASTA-Datei mit mehreren DNA-Anwendungen öffnen, z. B. mit GSL Biotech SnapGene (mehrere Plattformen), Genome Compiler (mehrere Plattformen) und Heracle BioSoft DNA Baser (Windows). Beispielsweise können Sie eine FASTA-Datei in SnapGene öffnen, indem Sie File → Open Files... auswählen.

Öffnen einer FASTA-Datei mit einem Texteditor

FASTA-Datei geöffnet in Apple TextEdit 1

Sie können eine FASTA-Datei auch mit einem Texteditor öffnen, z. B. mit Microsoft Notepad (Windows) oder Apple TextEdit (Mac). Sie können eine FASTA-Datei auch mit Quelltexteditoren öffnen. Wenn Sie die FASTA-Datei jedoch mit einem Texteditor oder Quelltexteditor öffnen, wird die Sequenz in der FASTA-Datei nicht wie in einer DNA-App nativ angezeigt.

Wenn Sie die Datei in einem Texteditor oder Quelltexteditor öffnen, können Sie die Sequenz in der FASTA-Datei anzeigen und ihre Eigenschaften ändern. Wenn Sie die Sequenz jedoch falsch bearbeiten, kann sie beschädigt werden.