.FAS Bestandsextensie
FASTA-sequentiebestand
| Ontwikkelaar | David J. Lipman and William R. Pearson |
| Populariteit |
3,2 | 6 stemmen |
Een FAS-bestand is een bestand met platte tekst dat is opgeslagen in de FASTA-indeling, een bestandsindeling die wordt gebruikt voor het opslaan van nucleïnezuur- en eiwitsequenties. Het bevat een of meer sequenties, die een sequentie-identificatiecode en de sequentie bevatten. Studenten biochemie, academici en professionals kunnen FAS-bestanden gebruiken om bio-informatie op te slaan en te verwerken, zoals de genomen van verschillende soorten.
Meer informatie
David J. Lipman en William R. Pearson hebben de FASTA-indeling gemaakt en in 1985 uitgebracht. Sindsdien is het een standaardindeling geworden voor het overdragen van sequenties tussen toepassingen vanwege de eenvoud ervan.
De FASTA-indeling
De FASTA-indeling is eenvoudig en bestaat uit de volgende elementen:
- Een regel die begint met het teken >, gevolgd door een sequentie-identificatiecode. Na de code kan een tekstbeschrijving van de sequentie volgen, maar dit is optioneel en DNA-software kan deze negeren.
- De volgende regel is de sequentie zelf, die uit meer dan één regel kan bestaan.
OPMERKING: FAS-bestanden kunnen worden opgeslagen met andere bestandsextensies, zoals .fasta (.FASTA-bestanden) en .fa (.FA-bestanden), maar ze worden opgeslagen in dezelfde FASTA-indeling.
Een FAS-bestand openen
Je kunt een FAS-bestand openen met verschillende DNA-toepassingen, zoals GSL Biotech SnapGene (multiplatform), Genome Compiler (multiplatform) en Heracle BioSoft DNA Baser (Windows). Om een FAS-bestand met SnapGene te openen, selecteer je .
Een FAS-bestand openen met een teksteditor
Omdat FAS-bestanden als platte tekst worden opgeslagen, kun je ze ook openen met een teksteditor, zoals Microsoft Notepad (Windows) of Apple TextEdit (Mac), of met een broncode-editor. Houd er rekening mee dat een teksteditor of broncode-editor de sequentie in het FAS-bestand niet rechtstreeks weergeeft zoals een DNA-toepassing dat doet. Ook moet je de bestandsextensie .fas mogelijk wijzigen in .txt zodat de teksteditor het bestand herkent.
Wanneer je een FAS-bestand opent in een teksteditor of broncode-editor, kun je de eigenschappen van het bestand wijzigen, waaronder de sequentie. Als je het bestand echter onjuist bewerkt, kun je de sequentie beschadigen.
Een FAS-bestand converteren
Verschillende toepassingen, waaronder GSL Biotech SnapGene en Heracle BioSoft DNA Baser, kunnen FAS-bestanden naar andere indelingen converteren.
SnapGene kan FAS-bestanden bijvoorbeeld naar de volgende indelingen converteren: