.PROT ファイル拡張子
XEASY原子リスト
| 開発元 | ETH Zurich |
| 人気度 |
2.3 | 3 票 |
PROTファイルとは?
PROTファイルは、核磁気共鳴(NMR)スペクトル解析アプリケーションであるXEASYが作成および使用する原子リストです。これは、原子の核磁気共鳴について記述したプレーンテキストファイルです。PROTファイルは、Load atomsオプションを使用してXEASYで開き、表示します。
詳細情報
科学者や研究者は、NMRを使用して高分子の3Dスペクトル解析を実行するためにXEASYを使用できます。XEASYが記録する測定値の1つに、高分子の原子リストがあります。原子リストには、高分子の共鳴の名前と周波数が含まれており、PROTファイルとして保存されます。
各PROTファイルには、数値とテキストの値を含む複数の行があります。各行は個々の原子に対応し、その原子を識別する情報が含まれています。各原子の行には、順に次の情報が含まれます。
- 原子の一意のID番号
- 原子の平均化学シフト(ppm単位)
- 割り当てられたピークの平均値からの偏差
- 原子の名前
- 原子のフラグメント番号
- 原子の基準線形状
XEASYで原子リストを作成するには、科学者はプログラムのWrite atoms (chem.shift) [wc]コマンドを使用します。これにより、現在の高分子のPROTファイルが作成されます。
PROTファイルの開き方
PROTファイルは、プログラムのLoad atoms (chem.shift) [lc]コマンドを使用してXEASY(Linux)で開くことができます。
XEASYを利用できない場合は、任意のテキストエディターでPROTファイルを開いて、含まれている原子リストを表示することもできます。
PROTファイルを開くプログラム
SnapGeneタンパク質ファイル
| 開発元 | GSL Biotech |
| 人気度 |
2.0 | 1 票 |
PROTファイルは、分子生物学解析アプリケーションGSL Biotech SnapGeneによって作成されるデータファイルです。分子量や吸光度など、タンパク質の配列とその特性が含まれています。PROTファイルには、作成者、配列の説明、変更履歴、コメントなどのメタデータも含まれています。
詳細情報
SnapGeneは、DNA、RNA、タンパク質など、さまざまな種類の配列を記録、設計、シミュレーションする分子生物学アプリケーションです。SnapGeneで配列を保存すると、ソフトウェアはその内容を保存するファイルを作成します。Snap Geneでは、配列の種類ごとに異なるファイル形式で保存されます:
SnapGeneでPROTファイルを作成するには、次の手順に従います:
- File → New Protein File...を選択します
- 「RNA」配列タイプを選択します
- 配列を作成します
- ファイルに名前を付けます
- OKを選択します
PROTファイルを作成した後、File → SaveまたはSave As...を選択して保存できます。その後、ファイルを保存すると、ファイルを閉じて再度開き、配列をさらに変更できます。
PROTファイルの開き方
GSL Biotech SnapGene(マルチプラットフォーム)でPROTファイルを開くことができます。SnapGeneでPROTファイルを開くには、File → Open Files...を選択します。
SnapGene Viewer(マルチプラットフォーム)でPROTファイルを開くこともできます。ただし、SnapGeneが提供する高度な機能と同じ機能は利用できません。
PROTファイルの変換方法
GSL Biotech SnapGeneでは、PROTファイルを次のようなさまざまなファイル形式に変換できます:
