.PROT Extensión de archivo

Lista de átomos de XEASY

Desarrollador ETH Zurich
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¿Qué es un archivo PROT?

Un archivo PROT es una lista de átomos creada y utilizada por XEASY, una aplicación de análisis de espectros de resonancia magnética nuclear (NMR). Es un archivo de texto sin formato que describe la resonancia magnética nuclear de un átomo. Los archivos PROT están diseñados para abrirse y visualizarse en XEASY mediante la opción Load atoms.

Más información

Los científicos y los investigadores pueden utilizar XEASY para realizar un análisis de espectros en 3D de macromoléculas mediante NMR. Una de las mediciones que registra XEASY es la lista de átomos de una macromolécula. La lista de átomos contiene los nombres y las frecuencias de las resonancias de una macromolécula, y se guarda como un archivo PROT.

Cada archivo PROT contiene varias filas de valores numéricos y de texto. Cada fila corresponde a un átomo individual y contiene información que identifica a ese átomo. En orden, la fila de cada átomo incluye:

  • El número de ID único del átomo
  • El desplazamiento químico medio del átomo en partes por millón
  • La desviación de los picos asignados al átomo con respecto al valor medio
  • El nombre del átomo
  • El número de fragmento del átomo
  • Las formas de línea de referencia del átomo

Para crear una lista de átomos en XEASY, los científicos utilizan el comando Write atoms (chem.shift) [wc] del programa. Esto produce un archivo PROT para la macromolécula actual.

Cómo abrir un archivo PROT

Puedes abrir un archivo PROT en XEASY (Linux) mediante el comando Load atoms (chem.shift) [lc] del programa.

Si no tienes acceso a XEASY, también puedes abrir un archivo PROT en cualquier editor de texto para ver la lista de átomos que contiene.

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Programas que abren archivos PROT

Windows
Incluido con el sistema operativo
Mac
Incluido con el sistema operativo
Linux
ETH Zurich XEASY
Gratis
Categoría: Datos
Actualizado: 2021-08-27

Archivo de proteínas de SnapGene

Desarrollador GSL Biotech
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Un archivo PROT es un archivo de datos creado por GSL Biotech SnapGene, una aplicación de análisis de biología molecular. Contiene una secuencia de proteínas y sus propiedades, como el peso molecular y la absorbancia. Los archivos PROT incluyen metadatos, como el creador, una descripción de la secuencia, un historial de cambios y comentarios.

Más información

Captura de pantalla de un archivo .prot en GSL Biotech SnapGene 6
Archivo PROT abierto en GSL Biotech SnapGene 6

SnapGene es una aplicación de biología molecular que documenta, diseña y simula varios tipos de secuencias, incluidas las de DNA, RNA y proteínas. Cuando guarda una secuencia con SnapGene, el software crea un archivo para almacenar su contenido. Snap Gene guarda cada tipo de secuencia en un formato de archivo diferente:

  • Secuencia de DNA - .DNA archivo
  • Secuencia de RNA - .RNA archivo
  • Secuencia de proteínas - archivo PROT

Para crear un archivo PROT con SnapGene, siga estos pasos:

  1. Seleccione File → New Protein File...
  2. Elija el tipo de secuencia "RNA"
  3. Cree la secuencia
  4. Asigne un nombre al archivo
  5. Seleccione OK

Después de crear el archivo PROT, puede guardarlo seleccionando File → Save o Save As.... Luego, después de guardar el archivo, puede cerrarlo y volver a abrirlo para modificar la secuencia más adelante.

Cómo abrir un archivo PROT

Puede abrir un archivo PROT con GSL Biotech SnapGene (multiplataforma). Para abrir un archivo PROT con SnapGene, seleccione File → Open Files....

También puede abrir un archivo PROT con SnapGene Viewer (multiplataforma). Sin embargo, no ofrece las mismas funciones avanzadas que SnapGene.

Cómo convertir un archivo PROT

GSL Biotech SnapGene puede convertir archivos PROT a varios tipos de archivo, incluidos los siguientes formatos:

  • .SEQ - Archivo de texto de secuencia de DNA
  • .FA - Archivo de secuencia FASTA
  • .EMBL - Archivo de datos de secuencia EMBL
  • .GBK - Archivo de datos GenBank
  • .TXT - Archivo de texto sin formato
  • .JPG - Imagen JPEG
  • .PNG - Gráfico de red portátil
  • .EMF - Metarchivo mejorado de Windows
  • .SVG - Archivo de gráficos vectoriales escalables
  • .PDF - Formato de documento portátil

Programas que abren archivos PROT

Categoría: Datos
Actualizado: 2022-11-11

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