.PROT Rozszerzenie pliku

2 typów plików używa rozszerzenia .prot.

1.Lista atomów XEASY
2.Plik białkowy SnapGene

Lista atomów XEASY

Deweloper	ETH Zurich
Popularność	2,3 \| 3 Głosy

Czym jest plik PROT?

Plik PROT to lista atomów utworzona i używana przez XEASY — aplikację do analizy widm jądrowego rezonansu magnetycznego (NMR). Jest to plik zwykłego tekstu, który opisuje jądrowy rezonans magnetyczny atomu. Pliki PROT są przeznaczone do otwierania i wyświetlania w XEASY za pomocą opcji Load atoms.

Więcej informacji

Naukowcy i badacze mogą używać XEASY do przeprowadzania analizy widm 3D makrocząsteczek za pomocą NMR. Jednym z pomiarów rejestrowanych przez XEASY jest lista atomów makrocząsteczki. Lista atomów zawiera nazwy i częstotliwości rezonansów makrocząsteczki i jest zapisywana jako plik PROT.

Każdy plik PROT zawiera kilka wierszy wartości liczbowych i tekstowych. Każdy wiersz odpowiada pojedynczemu atomowi i zawiera informacje identyfikujące ten atom. Wiersz każdego atomu zawiera kolejno:

Unikalny numer ID atomu
Średnie przesunięcie chemiczne atomu w częściach na milion
Odchylenie przypisanych pików atomu od wartości średniej
Nazwę atomu
Numer fragmentu atomu
Referencyjne kształty linii atomu

Aby utworzyć listę atomów w XEASY, naukowcy używają polecenia Write atoms (chem.shift) [wc] w programie. Tworzy ono plik PROT dla bieżącej makrocząsteczki.

Jak otworzyć plik PROT

Plik PROT można otworzyć w XEASY (Linux) za pomocą polecenia Load atoms (chem.shift) [lc] w programie.

Jeśli nie masz dostępu do XEASY, możesz również otworzyć plik PROT w dowolnym edytorze tekstu, aby wyświetlić zawartą w nim listę atomów.

Programy otwierające pliki PROT

Windows

Microsoft Notepad

Dołączony do systemu

Dowolny edytor tekstu

Mac

Apple TextEdit

Dołączony do systemu

Dowolny edytor tekstu

Linux

ETH Zurich XEASY

Vim

Bezpłatny

Dowolny edytor tekstu

Plik białkowy SnapGene

Deweloper	GSL Biotech
Popularność	2,0 \| 1 Głos

Plik PROT to plik danych utworzony przez GSL Biotech SnapGene, aplikację do analizy biologii molekularnej. Zawiera sekwencję białka i jej właściwości, takie jak masa cząsteczkowa i absorbancja. Pliki PROT zawierają metadane, takie jak twórca, opis sekwencji, historia zmian i komentarze.

Więcej informacji

Zrzut ekranu pliku .prot w GSL Biotech SnapGene 6 — Plik PROT otwarty w GSL Biotech SnapGene 6

SnapGene to aplikacja do biologii molekularnej, która dokumentuje, projektuje i symuluje różne typy sekwencji, w tym DNA, RNA i białka. Po zapisaniu sekwencji w SnapGene program tworzy plik do przechowywania jej zawartości. SnapGene zapisuje każdy typ sekwencji w innym formacie pliku:

Sekwencja DNA - .DNA plik
Sekwencja RNA - .RNA plik
Sekwencja białka - plik PROT

Aby utworzyć plik PROT w SnapGene, wykonaj następujące kroki:

Wybierz File → New Protein File...
Wybierz typ sekwencji „RNA”
Utwórz sekwencję
Nadaj nazwę plikowi
Wybierz OK

Po utworzeniu pliku PROT możesz go zapisać, wybierając File → Save lub Save As.... Następnie, po zapisaniu pliku, możesz go zamknąć i ponownie otworzyć, aby dalej modyfikować sekwencję.

Jak otworzyć plik PROT

Plik PROT można otworzyć za pomocą programu GSL Biotech SnapGene (wieloplatformowego). Aby otworzyć plik PROT w SnapGene, wybierz File → Open Files....

Plik PROT można również otworzyć za pomocą SnapGene Viewer (wieloplatformowego). Nie oferuje on jednak tych samych zaawansowanych możliwości co SnapGene.