.PROT Extension de fichier

2 types de fichiers utilisent l'extension .prot.

1.Liste d’atomes XEASY
2.Fichier de protéines SnapGene

Liste d’atomes XEASY

Développeur	ETH Zurich
Popularité	2,3 \| 3 Votes

Qu'est-ce qu'un fichier PROT ?

Un fichier PROT est une liste d’atomes créée et utilisée par XEASY, une application d’analyse de spectres de résonance magnétique nucléaire (RMN). Il s’agit d’un fichier en texte brut qui décrit la résonance magnétique nucléaire d’un atome. Les fichiers PROT sont conçus pour être ouverts et affichés dans XEASY, à l’aide de l’option Load atoms.

Plus d'informations

Les scientifiques et les chercheurs peuvent utiliser XEASY pour effectuer une analyse de spectre en 3D de macromolécules à l’aide de la RMN. L’une des mesures enregistrées par XEASY est la liste des atomes d’une macromolécule. Cette liste contient le nom et les fréquences des résonances d’une macromolécule, et elle est enregistrée dans un fichier PROT.

Chaque fichier PROT contient plusieurs lignes de valeurs numériques et textuelles. Chaque ligne correspond à un atome individuel et contient des informations permettant d’identifier cet atome. Dans l’ordre, la ligne de chaque atome comprend :

Le numéro d’identification unique de l’atome
Le déplacement chimique moyen de l’atome en parties par million
L’écart des pics attribués à l’atome par rapport à la valeur moyenne
Le nom de l’atome
Le numéro du fragment de l’atome
Les formes de raie de référence de l’atome

Pour créer une liste d’atomes dans XEASY, les scientifiques utilisent la commande Write atoms (chem.shift) [wc] du programme. Celle-ci produit un fichier PROT pour la macromolécule actuelle.

Comment ouvrir un fichier PROT

Vous pouvez ouvrir un fichier PROT dans XEASY (Linux) à l’aide de la commande Load atoms (chem.shift) [lc] du programme.

Si vous n’avez pas accès à XEASY, vous pouvez également ouvrir un fichier PROT dans n’importe quel éditeur de texte pour afficher la liste d’atomes qu’il contient.

Programmes qui ouvrent les fichiers PROT

Windows

Microsoft Notepad

Inclus avec l'OS

N'importe quel éditeur de texte

Mac

Apple TextEdit

Inclus avec l'OS

N'importe quel éditeur de texte

Linux

ETH Zurich XEASY

Vim

Gratuit

N'importe quel éditeur de texte

Fichier de protéines SnapGene

Développeur	GSL Biotech
Popularité	2,0 \| 1 Vote

Un fichier PROT est un fichier de données créé par GSL Biotech SnapGene, une application d’analyse de biologie moléculaire. Il contient une séquence de protéines et ses propriétés, comme le poids moléculaire et l’absorbance. Les fichiers PROT comprennent des métadonnées, comme le créateur, une description de la séquence, un historique des modifications et des commentaires.

Plus d'informations

Capture d'écran d'un fichier .prot dans GSL Biotech SnapGene 6 — Fichier PROT ouvert dans GSL Biotech SnapGene 6

SnapGene est une application de biologie moléculaire qui documente, conçoit et simule différents types de séquences, notamment l’ADN, l’ARN et les protéines. Lorsque vous enregistrez une séquence avec SnapGene, le logiciel crée un fichier pour en stocker le contenu. Snap Gene enregistre chaque type de séquence dans un format de fichier différent :

Séquence d’ADN - .DNA fichier
Séquence d’ARN - .RNA fichier
Séquence de protéines - fichier PROT

Pour créer un fichier PROT avec SnapGene, suivez les étapes suivantes :

Sélectionnez File → New Protein File...
Choisissez le type de séquence « RNA »
Créez la séquence
Nommez le fichier
Sélectionnez OK

Après avoir créé le fichier PROT, vous pouvez l’enregistrer en sélectionnant File → Save ou Save As.... Ensuite, après avoir enregistré le fichier, vous pouvez le fermer et le rouvrir pour modifier davantage la séquence.

Comment ouvrir un fichier PROT

Vous pouvez ouvrir un fichier PROT avec GSL Biotech SnapGene (multiplateforme). Pour ouvrir un fichier PROT avec SnapGene, sélectionnez File → Open Files....

Vous pouvez également ouvrir un fichier PROT avec SnapGene Viewer (multiplateforme). Cependant, il n’offre pas les mêmes fonctionnalités avancées que SnapGene.