.PROT Přípona souboru

2 typů souborů používá příponu .prot.

1.Seznam atomů XEASY
2.Soubor proteinu SnapGene

Seznam atomů XEASY

Vývojář	ETH Zurich
Popularita	2,3 \| 3 hlasy

Co je soubor PROT?

Soubor PROT je seznam atomů vytvořený a používaný aplikací XEASY pro analýzu spekter nukleární magnetické rezonance (NMR). Jedná se o soubor prostého textu, který popisuje nukleární magnetickou rezonanci atomu. Soubory PROT jsou určeny k otevření a zobrazení v aplikaci XEASY pomocí možnosti Load atoms.

Další informace

Vědci a výzkumníci mohou aplikaci XEASY používat k provádění 3D analýzy spekter makromolekul pomocí NMR. Jedním z měření, která XEASY zaznamenává, je seznam atomů makromolekuly. Seznam atomů obsahuje názvy a frekvence rezonancí makromolekuly a ukládá se jako soubor PROT.

Každý soubor PROT obsahuje několik řádků číselných a textových hodnot. Každý řádek odpovídá jednomu atomu a obsahuje identifikační údaje o tomto atomu. Řádek každého atomu obsahuje v tomto pořadí:

Jedinečné ID číslo atomu
Průměrný chemický posun atomu v částicích na milion
Odchylku přiřazených píků atomu od průměrné hodnoty
Název atomu
Číslo fragmentu atomu
Referenční tvary čar atomu

K vytvoření seznamu atomů v aplikaci XEASY používají vědci příkaz Write atoms (chem.shift) [wc]. Tím se vytvoří soubor PROT pro aktuální makromolekulu.

Jak otevřít soubor PROT

Soubor PROT můžete otevřít v aplikaci XEASY (Linux) pomocí příkazu Load atoms (chem.shift) [lc].

Pokud nemáte přístup k aplikaci XEASY, můžete soubor PROT otevřít také v libovolném textovém editoru a zobrazit si seznam atomů, který obsahuje.

Programy, které otevírají soubory PROT

Windows

Microsoft Notepad

Součást operačního systému

Libovolný textový editor

Mac

Apple TextEdit

Součást operačního systému

Libovolný textový editor

Linux

ETH Zurich XEASY

Vim

Zdarma

Libovolný textový editor

Soubor proteinu SnapGene

Vývojář	GSL Biotech
Popularita	2,0 \| 1 hlas

Soubor PROT je datový soubor vytvořený aplikací GSL Biotech SnapGene pro analýzu molekulární biologie. Obsahuje sekvenci proteinu a jeho vlastnosti, například molekulovou hmotnost a absorbanci. Soubory PROT obsahují metadata, například autora, popis sekvence, historii změn a komentáře.

Další informace

Snímek obrazovky souboru .prot v GSL Biotech SnapGene 6 — Soubor PROT otevřený v GSL Biotech SnapGene 6

SnapGene je aplikace pro molekulární biologii, která dokumentuje, navrhuje a simuluje různé typy sekvencí včetně DNA, RNA a proteinů. Když v aplikaci SnapGene uložíte sekvenci, software vytvoří soubor, do kterého uloží její obsah. Snap Gene ukládá každý typ sekvence v jiném formátu souboru:

DNA sekvence - .DNA soubor
RNA sekvence - .RNA soubor
Proteinová sekvence - soubor PROT

Soubor PROT vytvoříte v aplikaci SnapGene následujícím postupem:

Vyberte File → New Protein File...
Vyberte typ sekvence „RNA“
Vytvořte sekvenci
Pojmenujte soubor
Vyberte OK

Po vytvoření souboru PROT ho můžete uložit výběrem možnosti File → Save nebo Save As.... Po uložení souboru ho můžete zavřít a znovu otevřít, abyste sekvenci dále upravili.

Jak otevřít soubor PROT

Soubor PROT můžete otevřít v aplikaci GSL Biotech SnapGene (pro více platforem). Chcete-li soubor PROT otevřít v aplikaci SnapGene, vyberte File → Open Files....

Soubor PROT můžete také otevřít v aplikaci SnapGene Viewer (pro více platforem). Ta však neposkytuje stejné pokročilé funkce jako SnapGene.