.PROT Extensão de arquivo

2 tipos de arquivo usam a extensão .prot.

1.Lista de átomos do XEASY
2.Arquivo de proteína do SnapGene

Lista de átomos do XEASY

Desenvolvedor	ETH Zurich
Popularidade	2,3 \| 3 Votos

O que é um arquivo PROT?

Um arquivo PROT é uma lista de átomos criada e usada pelo XEASY, um aplicativo de análise de espectros de Ressonância Magnética Nuclear (NMR). Ele é um arquivo de texto simples que descreve a ressonância magnética nuclear de um átomo. Os arquivos PROT devem ser abertos e visualizados no XEASY usando a opção Load atoms.

Mais informações

Cientistas e pesquisadores podem usar o XEASY para realizar uma análise de espectro 3D de macromoléculas usando NMR. Uma das medições que o XEASY registra é a lista de átomos de uma macromolécula. A lista de átomos contém o nome e as frequências das ressonâncias de uma macromolécula e é salva como um arquivo PROT.

Cada arquivo PROT contém várias linhas de valores numéricos e de texto. Cada linha corresponde a um átomo individual e contém informações que identificam esse átomo. Na ordem, a linha de cada átomo inclui:

O número de identificação exclusivo do átomo
O deslocamento químico médio do átomo em partes por milhão
O desvio dos picos atribuídos ao átomo em relação ao valor médio
O nome do átomo
O número do fragmento do átomo
As formas de linha de referência do átomo

Para criar uma lista de átomos no XEASY, os cientistas usam o comando Write atoms (chem.shift) [wc] do programa. Isso produz um arquivo PROT para a macromolécula atual.

Como abrir um arquivo PROT

Você pode abrir um arquivo PROT no XEASY (Linux) usando o comando Load atoms (chem.shift) [lc] do programa.

Se não tiver acesso ao XEASY, você também poderá abrir um arquivo PROT em qualquer editor de texto para visualizar a lista de átomos que ele contém.

Programas que abrem arquivos PROT

Windows

Microsoft Notepad

Incluído com o sistema operacional

Qualquer editor de texto

Mac

Apple TextEdit

Incluído com o sistema operacional

Qualquer editor de texto

Linux

ETH Zurich XEASY

Vim

Grátis

Qualquer editor de texto

Arquivo de proteína do SnapGene

Desenvolvedor	GSL Biotech
Popularidade	2,0 \| 1 Voto

Um arquivo PROT é um arquivo de dados criado pelo GSL Biotech SnapGene, um aplicativo de análise de biologia molecular. Ele contém uma sequência de proteínas e suas propriedades, como peso molecular e absorbância. Os arquivos PROT incluem metadados, como o criador, uma descrição da sequência, um histórico de alterações e comentários.

Mais informações

Captura de tela de um arquivo .prot em GSL Biotech SnapGene 6 — Arquivo PROT aberto em GSL Biotech SnapGene 6

O SnapGene é um aplicativo de biologia molecular que documenta, projeta e simula vários tipos de sequências, incluindo DNA, RNA e proteínas. Quando você salva uma sequência com o SnapGene, o software cria um arquivo para armazenar o conteúdo. O SnapGene salva cada tipo de sequência em um formato de arquivo diferente:

Sequência de DNA - .DNA arquivo
Sequência de RNA - .RNA arquivo
Sequência de proteínas - arquivo PROT

Para criar um arquivo PROT com o SnapGene, siga estas etapas:

Selecione File → New Protein File...
Escolha o tipo de sequência "RNA"
Crie a sequência
Dê um nome ao arquivo
Selecione OK

Depois de criar o arquivo PROT, você pode salvá-lo selecionando File → Save ou Save As.... Depois de salvar o arquivo, você pode fechá-lo e reabri-lo para modificar ainda mais a sequência.

Como abrir um arquivo PROT

Você pode abrir um arquivo PROT com o GSL Biotech SnapGene (multiplataforma). Para abrir um arquivo PROT com o SnapGene, selecione File → Open Files....

Você também pode abrir um arquivo PROT com o SnapGene Viewer (multiplataforma). No entanto, ele não oferece os mesmos recursos avançados que o SnapGene.