.PROT Dateiendung

2 Dateitypen verwenden die Dateiendung .prot.

1.XEASY-Atomliste
2.SnapGene-Proteindatei

XEASY-Atomliste

Entwickler	ETH Zurich
Beliebtheit	2,3 \| 3 Stimmen

Was ist eine PROT-Datei?

Eine PROT-Datei ist eine von XEASY erstellte und verwendete Atomliste. XEASY ist eine Anwendung zur Analyse von Kernspinresonanzspektren (NMR). Sie ist eine Klartextdatei, die die Kernspinresonanz eines Atoms beschreibt. PROT-Dateien sind dafür vorgesehen, in XEASY mit der Option Load atoms geöffnet und angezeigt zu werden.

Weitere Informationen

Wissenschaftler und Forscher können XEASY verwenden, um mithilfe von NMR eine 3D-Spektrumanalyse von Makromolekülen durchzuführen. Eine der Messungen, die XEASY aufzeichnet, ist die Atomliste eines Makromoleküls. Die Atomliste enthält die Namen und Frequenzen der Resonanzen eines Makromoleküls und wird als PROT-Datei gespeichert.

Jede PROT-Datei enthält mehrere Zeilen mit numerischen Werten und Textwerten. Jede Zeile entspricht einem einzelnen Atom und enthält Informationen zur Identifizierung dieses Atoms. In der Reihenfolge enthält die Zeile jedes Atoms:

die eindeutige ID-Nummer des Atoms
die mittlere chemische Verschiebung des Atoms in Teilen pro Million
die Abweichung der zugewiesenen Peaks des Atoms vom Mittelwert
den Namen des Atoms
die Fragmentnummer des Atoms
die Referenzlinienformen des Atoms

Um in XEASY eine Atomliste zu erstellen, verwenden Wissenschaftler den Befehl Write atoms (chem.shift) [wc] des Programms. Dadurch wird eine PROT-Datei für das aktuelle Makromolekül erstellt.

So öffnen Sie eine PROT-Datei

Sie können eine PROT-Datei in XEASY (Linux) mit dem Befehl Load atoms (chem.shift) [lc] des Programms öffnen.

Wenn Sie keinen Zugriff auf XEASY haben, können Sie eine PROT-Datei auch in jedem Texteditor öffnen, um die darin enthaltene Atomliste anzuzeigen.

Programme, die .PROT-Dateien öffnen

Windows

Microsoft Notepad

Im Betriebssystem enthalten

Beliebiger Texteditor

Mac

Apple TextEdit

Im Betriebssystem enthalten

Beliebiger Texteditor

Linux

ETH Zurich XEASY

Vim

Kostenlos

Beliebiger Texteditor

SnapGene-Proteindatei

Entwickler	GSL Biotech
Beliebtheit	2,0 \| 1 Stimme

Eine PROT-Datei ist eine Datendatei, die von GSL Biotech SnapGene, einer Anwendung zur Analyse der Molekularbiologie, erstellt wird. Sie enthält eine Proteinsequenz und deren Eigenschaften, z. B. das Molekulargewicht und die Absorption. PROT-Dateien enthalten Metadaten, z. B. den Ersteller, eine Beschreibung der Sequenz, eine Änderungshistorie und Kommentare.

Weitere Informationen

Screenshot einer .prot-Datei in GSL Biotech SnapGene 6 — PROT-Datei geöffnet in GSL Biotech SnapGene 6

SnapGene ist eine Anwendung für die Molekularbiologie, mit der verschiedene Sequenztypen, darunter DNA, RNA und Proteine, dokumentiert, entworfen und simuliert werden können. Wenn Sie eine Sequenz mit SnapGene speichern, erstellt die Software eine Datei zum Speichern der Inhalte. SnapGene speichert jeden Sequenztyp in einem anderen Dateiformat:

DNA-Sequenz - .DNA-Datei
RNA-Sequenz - .RNA-Datei
Proteinsequenz - PROT-Datei

Um eine PROT-Datei mit SnapGene zu erstellen, führen Sie die folgenden Schritte aus:

Wählen Sie File → New Protein File... aus
Wählen Sie den Sequenztyp „RNA“ aus
Erstellen Sie die Sequenz
Geben Sie der Datei einen Namen
Wählen Sie OK aus

Nachdem Sie die PROT-Datei erstellt haben, können Sie sie speichern, indem Sie File → Save oder Save As... auswählen. Nachdem Sie die Datei gespeichert haben, können Sie sie schließen und erneut öffnen, um die Sequenz weiter zu bearbeiten.

So öffnen Sie eine PROT-Datei

Sie können eine PROT-Datei mit GSL Biotech SnapGene (plattformübergreifend) öffnen. Um eine PROT-Datei mit SnapGene zu öffnen, wählen Sie File → Open Files... aus.

Sie können eine PROT-Datei auch mit SnapGene Viewer (plattformübergreifend) öffnen. Es bietet jedoch nicht dieselben erweiterten Funktionen wie SnapGene.