.CHIP 文件扩展名
微阵列注释文件
| 开发者 | GSEA Team |
| 受欢迎程度 |
3.5 | 2 票 |
什么是 CHIP 文件？
CHIP文件是一种由基因集富集分析（GSEA）软件使用的微阵列注释文件。它包含一个将微阵列特征（即探针集）映射到基因符号和基因名称的电子表格。CHIP文件用于将某些基因表达数据文件中包含的非符号基因标识符转换为符号标识符。
更多信息
GSEA是一种基因分析程序，用于确定预先定义的基因集在不同生物状态之间是否表现出具有统计显著性且一致的差异。执行分析时，科学家必须在GSEA中加载几种不同类型的数据，包括基因表达数据集、相应的样本注释以及基因集集合。
科学家最常将GSEA与来自分子特征数据库（MSigDB）的基因集文件结合使用。这些文件由HUGO人类基因符号组成。不过，有些基因表达文件使用其他类型的标识符。如果科学家遇到这类基因表达文件，就必须使用CHIP文件，将该文件中的标识符转换为MSigDB基因集文件中包含的人类基因符号。只有这样，他们才能执行分析。
CHIP文件包含哪些数据？
CHIP文件是电子表格，通常包含三列数据：
- 探针集ID：基因表达数据文件中使用的非基因符号标识符
- 基因符号：对应的基因符号标识符
- 基因名称：对应的基因名称
文件gene_symbol.chip包含一个额外的列Aliases。此列包含其他基因符号，以防一个探针集ID可以映射到多个基因符号。
如何打开 CHIP 文件
CHIP文件用于在GSEA（跨平台）中打开和使用。在执行需要CHIP文件的分析时，科学家会先选择要测试的基因集，然后加载该CHIP文件。
如果你想查看CHIP文件包含的电子表格数据，可以在Microsoft Excel（Windows、Mac）中打开该文件。