.CHIP 파일 확장자
마이크로어레이 주석 파일
| 개발사 | GSEA Team |
| 인기도 |
3.5 | 2 표 |
CHIP 파일이란 무엇인가요?
CHIP 파일은 유전자 집합 농축 분석(GSEA) 소프트웨어에서 사용하는 마이크로어레이 주석 파일입니다. 마이크로어레이 기능(즉, 프로브 세트)을 유전자 기호 및 유전자 제목에 매핑하는 스프레드시트가 포함되어 있습니다. CHIP 파일은 일부 유전자 발현 데이터 파일에 포함된 기호가 아닌 유전자 식별자를 기호 식별자로 변환하는 데 사용됩니다.
추가 정보
GSEA는 사전에 정의된 유전자 집합이 생물학적 상태 간에 통계적으로 유의미하고 일관된 차이를 보이는지 확인하는 데 사용하는 유전자 분석 프로그램입니다. 분석을 수행할 때 연구자는 유전자 발현 데이터 세트, 해당 샘플 주석, 유전자 집합 모음 등 GSEA에서 여러 가지 유형의 데이터를 불러와야 합니다.
대부분의 경우 연구자는 Molecular Signatures Database(MSigDB)의 유전자 집합 파일과 함께 GSEA를 사용합니다. 이러한 파일은 HUGO 인간 유전자 기호로 구성됩니다. 그러나 일부 유전자 발현 파일은 다른 유형의 식별자를 사용합니다. 연구자가 이러한 유전자 발현 파일 중 하나를 발견하면 CHIP 파일을 사용하여 파일의 식별자를 MSigDB의 유전자 집합 파일에 포함된 인간 유전자 기호로 변환해야 합니다. 그래야만 분석을 수행할 수 있습니다.
CHIP 파일에는 어떤 데이터가 포함되어 있나요?
CHIP 파일은 일반적으로 다음 세 개의 데이터 열을 포함하는 스프레드시트입니다.
- 프로브 세트 ID: 유전자 발현 데이터 파일에서 사용하는 유전자 기호가 아닌 식별자
- 유전자 기호: 해당 유전자 기호 식별자
- 유전자 제목: 해당 유전자 제목
gene_symbol.chip 파일에는 Aliases라는 추가 열이 포함되어 있습니다. 이 열에는 하나의 프로브 세트 ID를 여러 유전자 기호에 매핑할 수 있는 경우 추가 유전자 기호가 포함됩니다.
CHIP 파일을 여는 방법
CHIP 파일은 GSEA(크로스 플랫폼)에서 열고 사용하도록 만들어졌습니다. CHIP 파일이 필요한 분석을 수행할 때 연구자는 테스트할 유전자 집합을 선택한 후 해당 CHIP 파일을 불러옵니다.
CHIP 파일에 포함된 스프레드시트 데이터를 확인하려면 Microsoft Excel(Windows, Mac)에서 파일을 열 수 있습니다.