.CHIP Rozszerzenie pliku

GSEA to program do analizy genów używany do określania, czy z góry zdefiniowany zestaw genów wykazuje statystycznie istotne, zgodne różnice między stanami biologicznymi. Podczas przeprowadzania analizy naukowcy muszą wczytać do GSEA kilka różnych typów danych, w tym zestaw danych dotyczących ekspresji genów, odpowiednie adnotacje próbek oraz zbiór zestawów genów.

Najczęściej naukowcy używają GSEA z plikami zestawów genów z bazy danych Molecular Signatures Database (MSigDB). Pliki te zawierają symbole ludzkich genów HUGO. Jednak niektóre pliki dotyczące ekspresji genów używają innych typów identyfikatorów. Jeśli naukowiec napotka jeden z takich plików dotyczących ekspresji genów, musi użyć pliku CHIP, aby przekonwertować identyfikatory z pliku na ludzkie symbole zawarte w plikach zestawów genów MSigDB. Dopiero wtedy może przeprowadzić analizę.

Jakie dane zawiera plik CHIP?

Pliki CHIP to arkusze kalkulacyjne, które zazwyczaj zawierają trzy kolumny danych:

• Probe Set ID: Identyfikatory inne niż symbole genów używane w pliku danych dotyczących ekspresji genów
• Gene Symbol: Odpowiadające im identyfikatory symboli genów
• Gene Title: Odpowiadające im nazwy genów

Plik gene_symbol.chip zawiera dodatkową kolumnę Aliases. Ta kolumna zawiera dodatkowe symbole genów, jeśli identyfikator zestawu sond można przypisać do wielu symboli genów.

Pliki CHIP są przeznaczone do otwierania i używania w GSEA (na różnych platformach). Podczas przeprowadzania analizy wymagającej pliku CHIP naukowcy wczytują ten plik CHIP po wybraniu zestawów genów, które chcą przetestować.

Jeśli chcesz wyświetlić dane arkusza kalkulacyjnego zawarte w pliku CHIP, możesz otworzyć ten plik w programie Microsoft Excel (Windows, Mac).