.CHIP ファイル拡張子
マイクロアレイアノテーションファイル
| 開発元 | GSEA Team |
| 人気度 |
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CHIPファイルとは？
CHIPファイルは、Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）ソフトウェアで使用されるマイクロアレイアノテーションファイルです。マイクロアレイの特徴（プローブセットなど）を遺伝子シンボルおよび遺伝子タイトルに対応付けるスプレッドシートが含まれています。CHIPファイルは、一部の遺伝子発現データファイルに含まれるシンボルではない遺伝子識別子を、シンボル識別子に変換するために使用されます。
詳細情報
GSEAは、あらかじめ定義された遺伝子セットが、生物学的状態の間で統計的に有意かつ一貫した差を示すかどうかを判定するために使用される遺伝子解析プログラムです。解析を実行する際、研究者はGSEAに複数の異なる種類のデータを読み込む必要があります。これには、遺伝子発現データセット、対応するサンプルアノテーション、遺伝子セットのコレクションが含まれます。
研究者は多くの場合、Molecular Signatures Database（MSigDB）の遺伝子セットファイルとともにGSEAを使用します。これらのファイルには、HUGOヒト遺伝子シンボルが含まれています。ただし、一部の遺伝子発現ファイルでは、別の種類の識別子が使用されています。研究者がこのような遺伝子発現ファイルに遭遇した場合、ファイルの識別子をMSigDBの遺伝子セットファイルに含まれるヒトシンボルに変換するために、CHIPファイルを使用する必要があります。その後で初めて、解析を実行できます。
CHIPファイルにはどのようなデータが含まれていますか？
CHIPファイルは、通常、次の3列のデータを含むスプレッドシートです。
- Probe Set ID：遺伝子発現データファイルで使用される、遺伝子シンボルではない識別子
- Gene Symbol：対応する遺伝子シンボル識別子
- Gene Title：対応する遺伝子タイトル
gene_symbol.chipファイルには、Aliasesという追加の列が含まれています。この列には、1つのプローブセットIDを複数の遺伝子シンボルに対応付けられる場合に、追加の遺伝子シンボルが含まれます。
CHIPファイルの開き方
CHIPファイルは、GSEA（クロスプラットフォーム）で開いて使用します。CHIPファイルが必要な解析を実行する場合、研究者はテストする遺伝子セットを選択した後、そのCHIPファイルを読み込みます。
CHIPファイルに含まれるスプレッドシートのデータを表示する場合は、Microsoft Excel（Windows、Mac）でファイルを開くことができます。