.CHIP Extensão de arquivo

O GSEA é um programa de análise de genes usado para determinar se um conjunto de genes definido a priori apresenta diferenças estatisticamente significativas e concordantes entre estados biológicos. Ao realizar uma análise, os cientistas precisam carregar vários tipos diferentes de dados no GSEA, incluindo um conjunto de dados de expressão gênica, as anotações correspondentes das amostras e uma coleção de conjuntos de genes.

Na maioria das vezes, os cientistas usam o GSEA com arquivos de conjuntos de genes do Molecular Signatures Database (MSigDB). Esses arquivos consistem em símbolos de genes humanos HUGO. No entanto, alguns arquivos de expressão gênica usam outros tipos de identificadores. Se um cientista encontrar um desses arquivos de expressão gênica, deverá usar um arquivo CHIP para converter os identificadores do arquivo nos símbolos humanos incluídos nos arquivos de conjuntos de genes do MSigDB. Somente então será possível realizar a análise.

Quais dados um arquivo CHIP contém?

Os arquivos CHIP são planilhas que normalmente incluem três colunas de dados:

• ID do conjunto de sondas: os identificadores que não são símbolos de genes usados em um arquivo de dados de expressão gênica
• Símbolo do gene: os identificadores correspondentes de símbolos de genes
• Título do gene: os títulos correspondentes dos genes

O arquivo gene_symbol.chip contém uma coluna adicional, Aliases. Essa coluna inclui símbolos de genes adicionais caso um ID do conjunto de sondas possa ser mapeado para vários símbolos de genes.

Os arquivos CHIP foram feitos para serem abertos e usados no GSEA (multiplataforma). Ao realizar uma análise que exige um arquivo CHIP, os cientistas carregam esse arquivo CHIP depois de selecionar os conjuntos de genes que desejam testar.

Se quiser visualizar os dados da planilha contidos em um arquivo CHIP, você poderá abrir o arquivo no Microsoft Excel (Windows, Mac).