.CHIP Bestandsextensie

GSEA is een programma voor genanalyse dat wordt gebruikt om te bepalen of een vooraf gedefinieerde set genen statistisch significante, overeenkomstige verschillen tussen biologische toestanden vertoont. Bij het uitvoeren van een analyse moeten wetenschappers verschillende typen gegevens in GSEA laden, waaronder een genexpressiedataset, bijbehorende monsterannotaties en een verzameling gensets.

Meestal gebruiken wetenschappers GSEA met gensetbestanden uit de Molecular Signatures Database (MSigDB). Deze bestanden bestaan uit HUGO-gensymbolen voor mensen. Sommige genexpressiebestanden gebruiken echter andere typen ID's. Als een wetenschapper een van deze genexpressiebestanden tegenkomt, moet die een CHIP-bestand gebruiken om de ID's in het bestand om te zetten naar de menselijke symbolen in de gensetbestanden van MSigDB. Pas daarna kunnen ze hun analyse uitvoeren.

Welke gegevens bevat een CHIP-bestand?

CHIP-bestanden zijn spreadsheets die meestal drie gegevenskolommen bevatten:

• Probe-set-ID: de niet-symbolische gen-ID's die in een genexpressiebestand worden gebruikt
• Gensymbool: de bijbehorende symbolische gen-ID's
• Gentitel: de bijbehorende gentitels

Het bestand gene_symbol.chip bevat een extra kolom, Aliases. Deze kolom bevat extra gensymbolen als een probe-set-ID aan meerdere gensymbolen kan worden gekoppeld.

CHIP-bestanden zijn bedoeld om te worden geopend en gebruikt in GSEA (platformonafhankelijk). Bij het uitvoeren van een analyse waarvoor een CHIP-bestand nodig is, laden wetenschappers dat CHIP-bestand nadat ze de gensets hebben geselecteerd die ze willen testen.

Als je de spreadsheetgegevens in een CHIP-bestand wilt bekijken, kun je het bestand openen in Microsoft Excel (Windows, Mac).