.CHIP Extensión de archivo

GSEA es un programa de análisis genético que se utiliza para determinar si un conjunto de genes definido a priori muestra diferencias estadísticamente significativas y concordantes entre estados biológicos. Al realizar un análisis, los científicos deben cargar varios tipos diferentes de datos en GSEA, incluido un conjunto de datos de expresión génica, las anotaciones de muestra correspondientes y una colección de conjuntos de genes.

Con mayor frecuencia, los científicos utilizan GSEA con archivos de conjuntos de genes de Molecular Signatures Database (MSigDB). Estos archivos contienen símbolos de genes humanos de HUGO. Sin embargo, algunos archivos de expresión génica utilizan otros tipos de identificadores. Si un científico encuentra uno de estos archivos de expresión génica, debe utilizar un archivo CHIP para convertir los identificadores del archivo en los símbolos humanos incluidos en los archivos de conjuntos de genes de MSigDB. Solo entonces puede realizar su análisis.

¿Qué datos contiene un archivo CHIP?

Los archivos CHIP son hojas de cálculo que normalmente incluyen tres columnas de datos:

• ID del conjunto de sondas: los identificadores que no son símbolos de genes utilizados en un archivo de datos de expresión génica
• Símbolo del gen: los identificadores de símbolos de genes correspondientes
• Título del gen: los títulos de genes correspondientes

El archivo gene_symbol.chip contiene una columna adicional, Aliases. Esta columna incluye símbolos de genes adicionales si un ID de conjunto de sondas puede asignarse a varios símbolos de genes.

Los archivos CHIP están pensados para abrirse y utilizarse en GSEA (multiplataforma). Al realizar un análisis que requiere un archivo CHIP, los científicos cargan ese archivo CHIP después de seleccionar los conjuntos de genes que desean probar.

Si quieres ver los datos de la hoja de cálculo que contiene un archivo CHIP, puedes abrirlo en Microsoft Excel (Windows, Mac).