.CHIP Estensione file
File di annotazione di microarray
| Sviluppatore | GSEA Team |
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Che cos'è un file CHIP?
Un file CHIP è un file di annotazione di microarray utilizzato dal software Gene Set Enrichment Analysis (GSEA). Contiene un foglio di calcolo che associa le caratteristiche del microarray (ovvero gli insiemi di sonde) ai simboli e ai titoli dei geni. I file CHIP vengono utilizzati per convertire gli identificatori di geni non basati su simboli contenuti in alcuni file di dati sull'espressione genica in identificatori basati su simboli.
Maggiori informazioni
GSEA è un programma di analisi genica utilizzato per determinare se un insieme di geni definito a priori mostra differenze statisticamente significative e concordanti tra stati biologici. Quando eseguono un'analisi, gli scienziati devono caricare in GSEA diversi tipi di dati, tra cui un set di dati sull'espressione genica, le annotazioni dei campioni corrispondenti e una raccolta di insiemi di geni.
Nella maggior parte dei casi, gli scienziati utilizzano GSEA con file di insiemi di geni provenienti dal Molecular Signatures Database (MSigDB). Questi file sono costituiti da simboli di geni umani HUGO. Tuttavia, alcuni file di espressione genica utilizzano altri tipi di identificatori. Se uno scienziato si imbatte in uno di questi file di espressione genica, deve utilizzare un file CHIP per convertire gli identificatori del file nei simboli umani inclusi nei file di insiemi di geni di MSigDB. Solo a questo punto può eseguire l'analisi.
Quali dati contiene un file CHIP?
I file CHIP sono fogli di calcolo che in genere includono tre colonne di dati:
- ID dell'insieme di sonde: gli identificatori non basati su simboli genici utilizzati in un file di dati sull'espressione genica
- Simbolo del gene: gli identificatori corrispondenti dei simboli genici
- Titolo del gene: i titoli corrispondenti dei geni
Il file gene_symbol.chip contiene una colonna aggiuntiva, Alias. Questa colonna include ulteriori simboli genici se un ID dell'insieme di sonde può essere associato a più simboli genici.
Come aprire un file CHIP
I file CHIP sono progettati per essere aperti e utilizzati in GSEA (multipiattaforma). Quando eseguono un'analisi che richiede un file CHIP, gli scienziati caricano quel file CHIP dopo aver selezionato gli insiemi di geni che desiderano analizzare.
Se vuoi visualizzare i dati del foglio di calcolo contenuti in un file CHIP, puoi aprire il file in Microsoft Excel (Windows, Mac).