.CHIP Přípona souboru

GSEA je program pro analýzu genů, který se používá ke zjištění, zda předem definovaná sada genů vykazuje statisticky významné a shodné rozdíly mezi biologickými stavy. Při provádění analýzy musí vědci do GSEA načíst několik různých typů dat, včetně datové sady s expresí genů, odpovídajících anotací vzorků a kolekce sad genů.

Vědci nejčastěji používají GSEA se soubory sad genů z databáze Molecular Signatures Database (MSigDB). Tyto soubory obsahují lidské genové symboly HUGO. Některé soubory s expresí genů však používají jiné typy identifikátorů. Pokud vědec narazí na jeden z těchto souborů s expresí genů, musí použít soubor CHIP k převodu identifikátorů v souboru na lidské symboly obsažené v souborech sad genů databáze MSigDB. Teprve potom může provést analýzu.

Jaká data obsahuje soubor CHIP?

Soubory CHIP jsou tabulky, které obvykle obsahují tři sloupce dat:

• ID sady sond: Identifikátory, které nejsou symboly genů a které se používají v souboru s údaji o expresi genů
• Symbol genu: Odpovídající identifikátory symbolů genů
• Název genu: Odpovídající názvy genů

Soubor gene_symbol.chip obsahuje další sloupec Aliases. Tento sloupec obsahuje další symboly genů, pokud lze ID sady sond namapovat na více symbolů genů.

Soubory CHIP jsou určeny k otevírání a používání v GSEA (pro různé platformy). Při provádění analýzy, která vyžaduje soubor CHIP, vědci tento soubor CHIP načtou po výběru sad genů, které chtějí testovat.

Pokud si chcete prohlédnout tabulková data obsažená v souboru CHIP, můžete soubor otevřít v programu Microsoft Excel (Windows, Mac).