.CHIP Extension de fichier
Fichier d’annotation de puce à ADN
| Développeur | GSEA Team |
| Popularité |
3,5 | 2 Votes |
Qu'est-ce qu'un fichier CHIP ?
Un fichier CHIP est un fichier d’annotation de puce à ADN utilisé par le logiciel Gene Set Enrichment Analysis (GSEA). Il contient une feuille de calcul qui associe les caractéristiques d’une puce à ADN (c’est-à-dire les ensembles de sondes) à des symboles et des titres de gènes. Les fichiers CHIP servent à convertir les identifiants de gènes qui ne sont pas des symboles, contenus dans certains fichiers de données d’expression génique, en identifiants symboliques.
Plus d'informations
GSEA est un programme d’analyse des gènes utilisé pour déterminer si un ensemble de gènes défini a priori présente des différences concordantes statistiquement significatives entre des états biologiques. Lors d’une analyse, les scientifiques doivent charger plusieurs types de données différents dans GSEA, notamment un jeu de données d’expression génique, les annotations correspondantes des échantillons et une collection d’ensembles de gènes.
Le plus souvent, les scientifiques utilisent GSEA avec des fichiers d’ensembles de gènes provenant de la Molecular Signatures Database (MSigDB). Ces fichiers contiennent des symboles de gènes humains HUGO. Cependant, certains fichiers d’expression génique utilisent d’autres types d’identifiants. Si un scientifique rencontre l’un de ces fichiers d’expression génique, il doit utiliser un fichier CHIP pour convertir les identifiants du fichier en symboles humains inclus dans les fichiers d’ensembles de gènes de MSigDB. Ce n’est qu’ensuite qu’il peut effectuer son analyse.
Quelles données contient un fichier CHIP ?
Les fichiers CHIP sont des feuilles de calcul qui comprennent généralement trois colonnes de données :
- ID de l’ensemble de sondes : les identifiants qui ne sont pas des symboles de gènes utilisés dans un fichier de données d’expression génique
- Symbole du gène : les identifiants correspondants des symboles de gènes
- Titre du gène : les titres de gènes correspondants
Le fichier gene_symbol.chip contient une colonne supplémentaire, Aliases. Cette colonne comprend des symboles de gènes supplémentaires lorsqu’un ID d’ensemble de sondes peut être associé à plusieurs symboles de gènes.
Comment ouvrir un fichier CHIP
Les fichiers CHIP sont destinés à être ouverts et utilisés dans GSEA (multiplateforme). Lors d’une analyse nécessitant un fichier CHIP, les scientifiques chargent ce fichier CHIP après avoir sélectionné les ensembles de gènes qu’ils souhaitent tester.
Si vous souhaitez consulter les données de feuille de calcul contenues dans un fichier CHIP, vous pouvez ouvrir le fichier dans Microsoft Excel (Windows, Mac).