.CHIP Dateiendung

GSEA ist ein Genanalyseprogramm, mit dem bestimmt wird, ob ein a priori definierter Gensatz statistisch signifikante, übereinstimmende Unterschiede zwischen biologischen Zuständen aufweist. Bei der Durchführung einer Analyse müssen Wissenschaftler in GSEA mehrere verschiedene Datentypen laden, darunter einen Genexpressionsdatensatz, die zugehörigen Probenannotationen und eine Sammlung von Gensätzen.

Am häufigsten verwenden Wissenschaftler GSEA mit Gensatzdateien aus der Molecular Signatures Database (MSigDB). Diese Dateien bestehen aus menschlichen HUGO-Gensymbolen. Einige Genexpressionsdateien verwenden jedoch andere Arten von Bezeichnern. Wenn ein Wissenschaftler auf eine dieser Genexpressionsdateien stößt, muss er eine CHIP-Datei verwenden, um die Bezeichner der Datei in die menschlichen Symbole umzuwandeln, die in den Gensatzdateien von MSigDB enthalten sind. Erst danach kann die Analyse durchgeführt werden.

Welche Daten enthält eine CHIP-Datei?

CHIP-Dateien sind Tabellen, die typischerweise drei Datenspalten enthalten:

• Probe Set ID: Die Nicht-Gensymbol-Bezeichner, die in einer Genexpressionsdatendatei verwendet werden
• Gene Symbol: Die entsprechenden Gensymbol-Bezeichner
• Gene Title: Die entsprechenden Genbezeichnungen

Die Datei gene_symbol.chip enthält eine zusätzliche Spalte mit der Bezeichnung Aliases. Diese Spalte enthält zusätzliche Gensymbole, wenn eine Probe Set ID mehreren Gensymbolen zugeordnet werden kann.

CHIP-Dateien sind dafür vorgesehen, in GSEA (plattformübergreifend) geöffnet und verwendet zu werden. Bei der Durchführung einer Analyse, für die eine CHIP-Datei erforderlich ist, laden Wissenschaftler diese CHIP-Datei, nachdem sie die Gensätze ausgewählt haben, die sie testen möchten.

Wenn Sie die Tabellendaten anzeigen möchten, die eine CHIP-Datei enthält, können Sie die Datei in Microsoft Excel (Windows, Mac) öffnen.