.CRAM Bestandsextensie
Gecomprimeerd uitlijningsbestand
| Ontwikkelaar | EBI |
| Populariteit |
2,5 | 2 stemmen |
Wat is een CRAM-bestand?
Bestandsindeling voor gecomprimeerde uitlijningen, ontwikkeld door EBI, een buitenstation van het European Molecular Biology Laboratory; slaat uitlijningen van korte DNA-sequentielezingen op die zijn gegenereerd door programma's voor het uitlijnen van korte reads, zoals BWA, BBMap en BLAT.
Meer informatie
De CRAM-bestandsindeling lijkt op de bestandsindeling Binary Alignment/Map (BAM), maar biedt betere bestandscompressie en een opnieuw gestructureerde binaire containerindeling met kolomoriëntatie. Naarmate de hoeveelheid gegevens op het gebied van genetische software toeneemt, is de CRAM-indeling ontworpen om de schijfruimte die uitlijningsgegevens innemen te verminderen.
Het uitlijnen van korte reads is het proces waarbij wordt bepaald waar een sequentie vandaan komt in het genoom. Dit kan lastig zijn, omdat het referentiegenoom vrij groot is en je niet altijd op zoek bent naar exacte overeenkomsten in het referentiegenoom. Programma's voor het uitlijnen van korte reads worden gebruikt om enorme sequenties te doorzoeken op overeenkomsten en bijna-overeenkomsten. Omdat de sequenties zo groot zijn, is compressie die wordt geboden door indelingen zoals CRAM nodig om bestandsformaten beheersbaar te houden.