.CRAM Dateiendung
Komprimierte Alignment-Datei
| Entwickler | EBI |
| Beliebtheit |
2,5 | 2 Stimmen |
Was ist eine CRAM-Datei?
Komprimiertes Alignment-Dateiformat, das von EBI, einer Außenstelle des European Molecular Biology Laboratory, entwickelt wurde; speichert Alignments kurzer DNA-Sequenz-Reads, die von Alignern für kurze Reads wie BWA, BBMap und BLAT erzeugt wurden.
Weitere Informationen
Das CRAM-Dateiformat ähnelt dem Dateiformat Binary Alignment/Map (BAM), bietet jedoch eine bessere Dateikomprimierung und ein neu strukturiertes spaltenorientiertes Binärcontainerformat. Da die Datenmengen im Bereich genetischer Software zunehmen, wurde das CRAM-Format entwickelt, um den Speicherplatzbedarf von Alignment-Daten zu reduzieren.
Das Alignment kurzer Reads ist der Prozess, herauszufinden, woher eine Sequenz im Genom stammt. Dies kann schwierig sein, da das Referenzgenom ziemlich groß ist und nicht immer nach exakten Übereinstimmungen im Referenzgenom gesucht wird. Alignment-Programme für kurze Reads werden verwendet, um in sehr großen Sequenzen nach Übereinstimmungen und nahezu übereinstimmenden Sequenzen zu suchen. Da die Sequenzen so groß sind, ist die von Formaten wie CRAM bereitgestellte Komprimierung notwendig, damit die Dateigrößen überschaubar bleiben.