.CRAM Rozszerzenie pliku
Skompresowany plik dopasowań
| Deweloper | EBI |
| Popularność |
2,5 | 2 Głosy |
Czym jest plik CRAM?
Format skompresowanego pliku dopasowań opracowany przez EBI, jednostkę terenową Europejskiego Laboratorium Biologii Molekularnej; przechowuje dopasowania krótkich odczytów sekwencji DNA wygenerowane przez programy do dopasowywania krótkich odczytów, takie jak BWA, BBMap i BLAT.
Więcej informacji
Format pliku CRAM jest podobny do formatu pliku Binary Alignment/Map (BAM), ale zapewnia lepszą kompresję plików i ma przeprojektowany binarny format kontenera zorganizowany kolumnowo. W miarę zwiększania się ilości danych w dziedzinie oprogramowania genetycznego format CRAM został zaprojektowany w celu ograniczenia przestrzeni zajmowanej na dysku przez dane dopasowań.
Dopasowywanie krótkich odczytów to proces ustalania, skąd w genomie pochodzi dana sekwencja. Może to być trudne, ponieważ genom referencyjny jest dość duży, a ponadto nie zawsze szuka się dokładnych dopasowań w genomie referencyjnym. Programy do dopasowywania krótkich odczytów służą do wyszukiwania dopasowań i prawie dokładnych dopasowań w ogromnych sekwencjach. Ponieważ sekwencje są tak duże, kompresja zapewniana przez formaty takie jak CRAM jest niezbędna do utrzymania rozmiarów plików na rozsądnym poziomie.