.CRAM Přípona souboru
Komprimovaný soubor zarovnání
| Vývojář | EBI |
| Popularita |
2,5 | 2 hlasy |
Co je soubor CRAM?
Komprimovaný formát souboru zarovnání vyvinutý institutem EBI, pobočkou Evropské laboratoře molekulární biologie; ukládá zarovnání krátkých sekvencí DNA získaná pomocí nástrojů pro zarovnání krátkých čtení, jako jsou BWA, BBMap a BLAT.
Další informace
Formát souborů CRAM je podobný formátu souborů Binary Alignment/Map (BAM), ale nabízí lepší kompresi souborů a přepracovaný binární kontejnerový formát orientovaný na sloupce. S rostoucím objemem dat v oblasti genetického softwaru byl formát CRAM navržen ke zmenšení diskové stopy dat o zarovnání.
Zarovnání krátkých čtení je proces určování, odkud sekvence pochází v genomu. To může být obtížné, protože referenční genom je poměrně velký a ne vždy hledáte přesné shody v referenčním genomu. Nástroje pro zarovnání krátkých čtení se používají k hledání shod a téměř přesných shod v rozsáhlých sekvencích. Protože jsou sekvence tak velké, je komprese poskytovaná formáty, jako je CRAM, nezbytná k udržení zvládnutelné velikosti souborů.