.CRAM Extension de fichier
Fichier d’alignement compressé
| Développeur | EBI |
| Popularité |
2,5 | 2 Votes |
Qu'est-ce qu'un fichier CRAM ?
Format de fichier d’alignement compressé développé par l’EBI, une antenne du Laboratoire européen de biologie moléculaire ; il stocke les alignements de courtes séquences d’ADN générés par des outils d’alignement de lectures courtes tels que BWA, BBMap et BLAT.
Plus d'informations
Le format de fichier CRAM est similaire au format de fichier Binary Alignment/Map (BAM), mais offre une meilleure compression des fichiers ainsi qu’un format de conteneur binaire restructuré orienté colonnes. À mesure que les volumes de données augmentent dans le domaine des logiciels génétiques, le format CRAM a été conçu pour réduire l’empreinte disque des données d’alignement.
L’alignement de lectures courtes est le processus qui consiste à déterminer d’où provient une séquence dans le génome. Cela peut être difficile, car le génome de référence est assez volumineux et vous ne recherchez pas toujours des correspondances exactes dans celui-ci. Les outils d’alignement de lectures courtes servent à rechercher des correspondances et des correspondances proches dans d’immenses séquences. Comme ces séquences sont très volumineuses, la compression fournie par des formats comme CRAM est nécessaire pour conserver des tailles de fichiers gérables.